تُعد مرحلة تفريخ وحضانة بيض النعام من أهم خطوات النجاح في مزارع التربية؛ حيث تتم عمليات التفريخ الطبيعي في فصلي الربيع والصيف، بينما يوفر التفريخ الصناعي خيارات أكثر ملاءمة للإنتاج المكثف.

ويتوزع التفريخ في مزارع النعام بين نوعين رئيسيين:

التفريخ الطبيعي: يتناوب الذكر والأنثى حراسة ورعاية البيض، حيث ترقد الأنثى نهاراً ويتولى الذكر الحضانة ليلاً. ويتراوح العدد المثالي بين 8 إلى 14 بيضة، وتستغرق التحضين من 42 إلى 55 يوماً في حرارة بين 30 و34 درجة مئوية ورطوبة 30-50%. يُذكر أن هذا النوع نادر الاستخدام في الإنتاج المكثف لنقص وضع البيض أثناء الرقاد.

التفريخ الصناعي: يعتمد على مفرخات حديثة مجهزة بأجهزة تحكم إلكترونية ضبط الحرارة والرطوبة والتهوية والتقليب. وتستغرق مدة التحضين داخل المفرخة 42 يوماً تقريباً (39 يوماً في المفرخ و3 أيام في المفقس).