في البلدان الأقل تطورا، يتم التخلص من المخلفات الصلبة والسائلة للزيتون ثم تفريغها في التربة حيث يتم نشرها على الأراضي المحيطة ومع مرور الوقت تتراكم هذه المركبات السامة في التربة، وتتغلغل بها، وتنتقل مع مياه الأمطار والسيول إلى المناطق المجاورة الأخرى، مما يؤدي الى نتائج خطيرة. 

النفايات السائلة لا يتم معالجتها بشكل تام، فإنها تؤدي إلى تدهور الأراضي وتلوث التربة والمياه الجوفية. فعلياً إن اختلاط كمية صغيرة من المخلفات السائلة لمعاصر الزيتون مع المياه الجوفية يستطيع إحداث تلوث كبير لمصادر مياه الشرب. 

استخدام تكتيك شائع للتخلص من مخلفات معاصر الزيتون ألا وهو جمعها والاحتفاظ بها في أحواض أو برك كبيرة حيث يتم تبخيرها وتجفيفها إلى مكون شبه صلب، وهذا سيضر بالهواء بسبب التخمرات والروائح الكريهة التي تجذب الحشرات وتضر بالسكان المحيطين بالمنطقه.

وتعد المشكلة أكثر خطورة اذا تم استخدام الكلور لتطهير مياه الشرب، حيث يتفاعل الكلور مع الفينول مشكلاً الكلوروفينول الذي يعتبر أشد خطورة على صحة الإنسان من الفينول وحده. تم عمل عديد من الدراسات لمعالجة المخلفات السائلة حيويا للإستفادة بها فى الأغراض الزراعية (كمخصب حيوى صناعى يزيد من إنتاجية المحاصيل). توجد طرق مختلفه لمعالجة هذا المخلف من اهمها الطرق الفيزيائية أو الكيميائية أو الحرارية  وافضلها الطرق البيولوجية نظرا لأنها من ارخص الطرق وءأمنها على الانسان والبيئة

يوصى بمعالجة المخلفات السائلة من عصر الزيتون حيويا قبل استخدامها كمخصب حيوى لزيادة استفادة النبات من المكونات والفيتامينات والأملاح وكذلك المجموعات الميكروبية الموجودة بالمخلف السائل، مع مراعاة استخدام الظروف المثلى فى تنمية كل ميكروب للحصول على اقصى استفادة. يضاف المخلف السائل من عصر الزيتون رشا على التربة بمقدار (200 ليتر/الفدان) لمرتين. 

البحث فى هذا الموضوع لتغطية الجوانب التى لم يتم تغطيتها. الجدوى الاقتصادية لاستخدام ماء عصر الزيتون كسماد حيوي تتوافر اطنان كثيره من المخلف السائل والصلب من عصر الزيتون خاصة فى مواسم جمع الزيتون وعصره بل وبعد ذلك من اوقات السنه، وذلك بدون مقابل تقريبا. ويتمنى الجميع التخلص منها ورفعها حتى يتم تجنب اضرار تركها لفترات طويلة. وبالتالى فإن المعالجة البيولوجية للمخلف تكون الاوفر اقتصاديا نظرا لعدم الحاجه الى تكاليف عالية او مواد خام او عماله، وهى ايضا الأء من على للبيئه.